La fondation Rabelais est une fondation universitaire au sens de l'article 28 de la loi du 10 août 2007 relative aux libertés et responsabilités des universités, dite loi LRU.
La fondation universitaire, non dotée de la personnalité morale, bénéficie néanmoins de l'autonomie financière et obéit, sauf dispositions contraires, aux règles relatives aux fondations reconnues d'utilité publique.
La fondation universitaire doit poursuivre la réalisation d'une ou plusieurs œuvres ou activités d'intérêt général et à but non lucratif conformes aux missions du service public de l'enseignement supérieur.
Le décret n°2008-326 du 7 avril 2008 est venu préciser les modalités de fonctionnement de la fondation universitaire.